农发种业停牌的原因可能有多种可能性，以下是一些可能的原因：

1. 公司内部重大事项：农发种业可能因为内部重大事项需要停牌，例如重大资产重组、重大合同签订、重大投资等。停牌期间，公司可以进行必要的内部调整和准备工作。

2. 公司财务情况不佳：农发种业的财务状况可能出现问题，例如亏损较多、债务过高、资金链紧张等。为了避免市场的进一步恶化和投资者的恐慌，公司可能选择停牌来进行内部整顿和筹划。

3. 重大事件的发生：农发种业可能因为重大事件的发生而停牌，例如公司高管的变动、法律诉讼、产品质量问题、环境污染等。停牌期间，公司可以进行必要的调查和应对措施，以减少对公司形象和市场声誉的损害。

4. 市场行情不稳定：农发种业所在的市场可能出现不稳定的情况，例如整个行业的需求下滑、市场供应过剩、政策调整等。为了避免公司价值的进一步下滑和投资者的恐慌，公司可能选择停牌来观察市场情况，并制定合适的应对策略。

需要注意的是，停牌的具体原因和结果需要根据相关公告和公司的具体情况来确定，以上只是一些可能的原因，具体情况可能因公司而异。